El limite más importante del departamento de Cajamarca está marcado hacia el este por la cuenca del Marañón que lo separa del departamento de Amazonas. Para aumentar las aguas del gran Marañón bajan los ríos trans­versalmente de oeste a este, dividiendo a este departamento en una serie de cuencas u hoyas parciales: al norte las formadas por el Chinchipe y el Tabaconas, que se juntan antes de entrar al Marañón; en el centro la de Huancabamba, la más ancha y extensa, que viene de las sierras de Piura, alimentada por cuen­cas parciales como la del Chotano, que corre de sur a norte. Los ríos que desembocan en la costa por la cordillera Occidental nacen en Cajamarca, situación que le da una salida favorable a la costa y convierte a su provincia de Santa Cruz en un núcleo de penetración y de comunicación hacia el Pacifico. Por ejem­plo, el rio Jequetepeque, uno de los más importantes de la costa del Perú, tiene su cuenca en Cajamarca a la altura de Contuma­zá.